L'algoritmo procedere per iterazioni, ad ogni passo riducendo la differenza tra le distanze apparenti (in 2D) e quelle reali tra punto e punto in N D.
java jsammon datasetapparirà la finestra con la proiezione del dataset lungo le due dimensioni a maggior varianza (N.B.: la varianza viene calcolata dopo una normalizzazione dei dati).
Ogni punto assume un colore corrispondente alla sua classe di appartenenza; spostando il puntatore vicino ad un punto se ne ottiene, nella riga in basso, la rappresentazione completa.
I pulsanti Up, Down, Left, Right, Zoom In e Zoom Out permettono di navigare nella rappresentazione 2D; Autoscale riporta il sistema nelle condizioni di visualizzare tutti i punti nel canvas.
Premendo il pulsante "Iterate" vengono compiute tante iterazioni dell'algoritmo di Sammon quanto è indicato nella casella "times" immediatamente sotto al pulsante.
Il "Magic Factor di Sammon (MF) è fisso a 0.3.
Insieme al programma sono forniti alcuni dataset di esempio. helix.data e iris.data sono gli stessi dataset utilizzati nell'articolo di Sammon, mentre vehicle.data è un sottoinsieme di un dataset di un'applicaizone reale.